Der Caritasverband für die Stadt Köln e. V. ist ein eingetragener Verein mit den Organen Vertreterversammlung, Caritasrat und geschäftsführender Vorstand.
Für die Vertreterversammlung werden Personen aus den einzelnen Mitgliedergruppen benannt (Kirchengemeinden, Fachverbände und lokale Einrichtungen aus Arbeitsgemeinschaften des deutschen Caritasverbandes sowie weitere korporative Mitglieder).
Sie wählen den Caritasrat mit dem Stadtdechanten als geborenen Vorsitzenden. Der Caritasrat ist ein Aufsichtsrat mit allen Instrumenten und Kompetenzen, wie sie auch in großen Wirtschaftsunternehmen üblich sind. Ein aussagekräftiges Berichtswesen, ein differenziertes Risikomanagement und regelmäßige Lageberichte setzen ihn in die Lage, jederzeit die Situation des Caritasverbandes zu steuern und zu kontrollieren. Der geschäftsführende, hauptamtliche Vorstand legt in Kooperation mit dem Caritasrat Ziele und Schwerpunkte für die Arbeit des Verbandes fest.
Der Caritasrat berichtet jährlich der Vertreterversammlung und wird von dieser bezüglich seiner satzungsgemäßen Aufgaben entlastet.